Ursprünglich hat sich auf dem Grundstück des heutigen St. Hildegard die Kurpension Immergrün befunden, die der Badearzt Dr. Josef Liegl 1895 errichten ließ. Die Landesversicherungsanstalt (LVA) Oberbayern übernahm das Haus 1911 als Genesungsheim Alzing. Mit der Übernahme durch die LVA begann am Standort auch das Wirken der Barmherzigen Schwestern, die im Genesungsheim in der Pflege tätig waren.

1967 erwarb die Ordensgemeinschaft das Haus, benannte es um in Schwesternheim St. Ludovika und nutzte es als Erholungshaus für die eigenen Schwestern. Infolge Platzmangels und weil es baufällig war, entschloss sich die Gemeinschaft, St. Ludovika durch einen Neubau zu ersetzen: das heutige St. Hildegard. Das Haus wurde 1989 durch Friedrich Kardinal Wetter eingeweiht.

Zunächst war St. Hildegard als Schwesternheim ausschließlich für Barmherzige Schwestern gedacht. Heute verbringen hier auch Schwestern und Brüder anderer Ordensgemeinschaften sowie Priester ihren Lebensabend.